No dia 04.07.2006 o Ministério Público Federal no estado do Espírito Santo (MPF-ES) propôs na Justiça Federal Ação Civil Pública Com Pedido de Indenização Por Danos Morais Coletivos contra a União e em favor dos índios Tupinikim e Guarani, considerando danos morais aqueles causados por agentes da Polícia Federal (PF) na execução da ordem de  reintegração de posse em favor da Aracruz Celulose em 20.01.2006. Esta ação resultou na destruição das aldeias Olho D’Água e Córrego do Ouro, na prisão de 02 índios e no ferimento de 13 (treze) índios com balas de borracha disparadas à queima roupa.

A ação foi proposta pelo Procurador da República Dr. André Pimentel Filho após instaurar o Procedimento Administrativo Civil nº 1.17.003.000001/2006-75, que apurou as irregularidades da operação da PF. Segundo a apuração a PF “agiu de maneira atécnica, açodada, excessiva e truculenta, desrespeitando os direitos humanos das comunidades indígenas tupinikim e guarani do município de Aracruz/ES e não observando os deveres de proporcionalidade e eficiência, inerentes a todo ato estatal, causando danos morais a essa coletividade (os indígenas)”. Ainda segundo a apuração, a ação da PF, denominada “Operação Tupinikim II”, pautou-se pelo uso excessivo de violência e abuso da autoridade. Na preparação e execução da mesma a PF ignorou qualquer fase, prévia e necessária, de diálogo ou de convencimento pacífico dos índios e optou pelo uso imediato da força. Vale ressaltar que os tiros de borracha foram  à queima roupa, quando deveria respeitar uma distância mínima de 20 (vinte) metros. Ao se utilizar das estruturas da Aracruz Celulose como base da operação para realizar a ordem judicial, “a União, através da PF, comprometeu a seriedade, a isenção, a moralidade de sua atuação”. Além disso, fez da empresa interessada local de detenção de 02 (dois) índios, fato “absolutamente irregular e extremamente humilhante para os índios”.

Outras irregularidades apontadas pelo MPF-ES: as atividades policiais continuaram mesmo após o TRF da 2ª Região ter cassado a liminar de reintegração de posse; não havia ordem judicial para a destruição das benfeitorias (casas e plantios), mesmo assim destruiu-se com os maquinários da Aracruz Celulose; os pertences pessoais dos índios retirados das aldeias destruídas foram confiscados, sem qualquer ordem judicial e levados para a Superintendência da PF, privando os índios dos seus pertences por quase uma semana.

Na ação contra a União o Procurador da República, Dr. André Pimentel, ressalta que “a má atuação da PF não é o primeiro ato ilícito do Estado praticado contra os índios”, pois “a União vem protelando, inexplicavelmente, a demarcação integral do território indígena, mesmo com a existência de laudos antropológicos confirmando a tradicionalidade da ocupação indígena, em evidente colisão com o disposto no art. 231 da Lei Maior da República”.

Diante disso, o MPF-ES entende que a União tem o dever de indenizar as comunidades indígenas Tupinikim e Guarani pelos danos morais coletivos causados pela “barbárie produzida pela PF”. Do “trágico episódio” ficou, segundo ainda o MPF-ES, nas comunidades indígenas um misto de “tristeza e perplexidade”. “Tristeza por verem vários de seus membros serem feridos e injusta e violentamente repreendidos pelo aparato policial. Perplexidade diante do modo como de deu a ação, com a utilização de recursos da parte interessada, com a falta de habilidade da polícia para conduzir tema tão delicado, com o descaso do Estado para com a comunidade”.

A indenização pretende compensar os lesados (os índios) como “atenuação do sofrimento havido”. Ao mesmo tempo, tem por objetivo “impingir sanção ao lesante (União) a fim de que não volte a praticar tais atos”.