O Cimi está estruturado em 11 regionais e um Secretariado Nacional, em Brasília. Cada regional tem uma estrutura básica que dá apoio, orienta e coordena o trabalho das equipes nas áreas indígenas. O Secretariado Nacional cumpre o papel de articular diversas instâncias em nível nacional e disponibiliza aos missionários, índios e suas organizações um grupo de assessores nas áreas de Metodologia e Política, Jurídica, Articulação Latino Americana e Imprensa, além de Assessoria Teológica, esta última, localizada em São Paulo. No Secretariado funcionam também a editoria do Jornal Porantim e o Setor de Documentação.

As instâncias que definem as ações da entidade são:

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  Assembléia Geral: realiza-se a cada dois anos;
  
  
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  Diretoria: composta pelos coordenadores regionais e presidência (presidente, vice-presidente e secretários).

É a diretoria que responde pela direção política da entidade, cumprindo as prioridades, linhas de ação e objetivos definidos na Assembléia Geral.

Em função das demandas do trabalho e do aprofundamento das temáticas, em algumas frentes de atuação, foram constituídas articulações nacionais: ANS (Articulação Nacional de Saúde), ANE (Articulação Nacional de Educação), ANAS (Articulação Nacional de Auto-Sustentação), ANF (Articulação Nacional de Formação) e ANDRI (Articulação Nacional de Diálogo Inter-Religioso e Inculturação). Estas articulações são compostas por missionários e assessores em nível regional e nacional que possibilitam à entidade um acúmulo próprio de reflexão, análise e propostas em cada uma dessas áreas. Semelhante processo ocorre nos regionais quando estes constituem setores responsáveis por temas específicos.

O Cimi conta atualmente com aproximadamente 418 missionários, compondo 114 equipes de área localizadas em várias regiões do país. São leigos e religiosos cuja presença solidária, comprometida e inculturada é testemunho da fé na utopia pascal.

Inculturação e diálogo com as culturas indígenas são condições básicas para o trabalho missionário. Busca-se conhecer essas culturas para respeitá-las e estar junto em cada momento da vida dos povos, especialmente nas lutas pela garantia de seus direitos.

A atuação do Cimi é também junto à Igreja, ao Estado e à sociedade. O que se quer é unificar a ação missionária junto aos índios, intervir nas ações do Legislativo, Executivo e Judiciário que atinjam os interesses dos índios e estimular os diversos setores sociais para que se solidarizem com a causa indígena.