Mais de 400 missionários, constituindo 112 equipes, convivem com o dia-a-dia dos povos indígenas em todo país. São leigos e religiosos que buscam com a presença solidária, o compromisso e o testemunho colocar-se a serviço da vida desses povos.

Para articular, assessorar e orientar a ação desses missionários e para apoiar as lutas dos povos indígenas pela garantia de seus direitos, o Cimi organizou-se em 11 Regionais distribuídos pelo país e um Secretariado Nacional localizado em Brasília.

A instância máxima do Cimi é a Assembléia Geral que se realiza de dois em dois anos. Sua Diretoria é composta pela Presidência (Presidente, Vice Presidente e dois Secretários) e pelos 11 Coordenadores regionais.

Através do Secretariado Nacional e dos Regionais, o Cimi oferece aos missionários, índios e suas organizações apoio e assessoria nas áreas jurídica, teológica, antropológica, de comunicação, formação, educação, saúde e documentação. E edita mensalmente o Porantim, jornal especializado na questão indígena.

São membros do Cimi os leigos e religiosos que atuam de forma direta junto aos povos indígenas; os bispos em cujas Dioceses/Prelazias haja comunidade indígena; os superiores religiosos dos missionários que trabalham junto aos índios; e o bispo responsável pela linha missionária da CNBB.