No caso, as liminares concedidas pelo Tribunal Regional Federal da 3ª Região (TRF-3) condicionavam o início dos trabalhos técnicos da FUNAI à notificação prévia dos ocupantes de imóveis rurais. Em uma das liminares, concedida no Mandado de Segurança ajuizado pela FAMASUL (Federação de Agricultura e Pecuária do Estado do Mato Groso do Sul), o Tribunal havia determinado que a FUNAI notificasse todos os ocupantes de imóveis rurais de 26 municípios do Mato Grosso do Sul. A FUNAI solicitou que fosse apresentada pela Federação a listagem dos moradores e associados interessados em serem notificados. Todavia, a decisão do TRF-3 desobrigou que a Federação apresentasse qualquer listagem, determinando que a FUNAI notificasse todos os ocupantes de todos os imóveis rurais da região, associados ou não à FAMASUL, registrados ou não em cartório. A liminar impedia, ainda, que a FUNAI realizasse qualquer trabalho de campo antes dessas notificações.

Como apontado pela AGU, as liminares, na prática, impediam que a FUNAI desse início a qualquer trabalho no Estado de Mato Grosso do Sul. Isto porque a área total dos 26 municípios abrangidos pela liminar era de 12 milhões de hectares, área maior do que Portugal. Seria inviável exigir que a FUNAI localizasse, sem uma listagem, todas as pessoas dentro de uma área rural inóspita, particularmente considerando que a liminar determinava a notificação não só dos proprietários das terras, mas de todos os ocupantes, incluindo-se aí os posseiros e invasores. Para a AGU, tal medida é absolutamente irrazoável e desproporcional.

Ressaltou-se ainda que o Decreto nº 1.775/96, que regula a demarcação de terras indígenas, não prevê uma notificação prévia dos ocupantes ou moradores como condição necessária ao início dos trabalhos técnicos. Conforme o Decreto, após o encerramento dos estudos técnicos e elaboração do laudo, os interessados são notificados através de avisos na mídia e notificações afixadas nas sedes das prefeituras, tendo até 90 dias para impugnar o estudo e juntar novas provas e documentos. Assim, as liminares teriam criado uma exigência não contida no ato normativo.

Apontou-se, ainda, a gravidade da situação dos Guarani Kaiowá no Mato Grosso do Sul. Conforme dados da ONU, a taxa de suicídios entre os Guarani foi 19 vezes maior do que a média brasileira. Entre 1981 e 2008, foram registrados 625 suicídios entre os Guarani. Estudos apontam que, em 2007, 44 índios foram assassinados no Mato Grosso do Sul, repetindo-se tal média nos anos subsequentes. A taxa média de homicídios entre os Guarani é de 210 para cada 100.000 habitantes, ou seja, vinte vezes maior do que a taxa de homicídios em São Paulo.

Os problemas de desemprego, alcoolismo, desnutrição infantil, trabalho escravo e violência explicam a baixa expectativa de vida dos Guarani. Enquanto que a expectativa de vida média nacional é de aproximadamente 72 anos, a expectativa de vida do guarani é de apenas 45 anos. Muitos Guarani são recrutados para trabalhar nos canaviais da região, trabalhando em condições precárias, num regime análogo ao trabalho escravo. A AGU apontou, também, a situação de 300 índios da mesma etnia que teriam sido despejados por decisão do TRF-3 e que estariam vivendo, atualmente, em uma vala coletora de água às margens da BR-163. Inspeção do Conselho de Defesa dos Direitos da Pessoa Humana do Estado do Mato Grosso do Sul no local verificou que no acampamento havia uma proliferação de sanguessugas, insetos, rãs, sapos e salamandras, tornando o ambiente inóspito. Pela falta de condições mínimas de higiene, algumas crianças do grupo estavam acometidas de febre e disenteria.

Defendeu a AGU que o tratamento que estava sendo dados aos indígenas do Mato Grosso do Sul poderia ser classificado como genocídio, nos termos da Lei nº 2.889/56 e dos tratados internacionais, particularmente do artigo 6º do Estatuto de Roma. Isto porque, na forma da Lei nº 2.889/56, caracteriza o crime de genocídio submeter intencionalmente grupo étnico a condições de existência capazes de ocasionar-lhe a destruição física total ou parcial.

Por todos estes problemas, defendeu a AGU não ser possível admitir a indevida interrupção dos trabalhos da FUNAI na região. As liminares do TRF-3, que impediam o início dos trabalhos de campo da FUNAI no Mato Grosso do Sul, caracterizaram hipótese de grave lesão à ordem pública, razão pela qual deveriam ser suspensas.

Com a suspensão da liminar pela presidência do Supremo Tribunal Federal, a FUNAI poderá iniciar os estudos prévios e o trabalho de campo necessário à identificação dos indígenas, bem como da área por estes ocupada, o que permitirá o início dos trabalhos de demarcação de terras indígenas no Mato Grosso do Sul e a realização de políticas públicas pela autarquia e pelo governo federal. Para a AGU, novas liminares similares que impeçam o início dos trabalhos poderão ser suspensas neste mesmo processo.